Ввиду того, что концепция "мы построили машины, чтобы они уничтожали расы до того как их уничтожат их собственные машины" вызывает у многих вполне понятное лолщито, я сделала опасную вещь - я задумалась. Так уж Левиафанов должно было волновать, какая из подчиненных рас себя изничтожит на пике технического прогресса? Ведь есть и будут ещё примитивные недоразвитые народы, которых тоже можно заставить себе поклоняться.
Я думаю, дело в том, что Левиафанов беспокоило не то, что их рабы самоуничтожатся, а то, что они разовьются до такой степени, что однажды станут слишокм умными и поймут, что их боги не так уж бессмертны и неуязвимы. А там, того и гляди, свободы захотят, дань платить откажутся да ещё и гадость какую-то изобретут. Возможно так и случалось. Не один раз. Потому что в силу своего древнего высокомерия Левиафаны могли не так уж тщательно следить за менее развитыми расами - абсолютного контроля над разумом, думаю, тоже не было ибо это всё равно что самому себе петь хвалебные оды и делать ритуалы. Находящиеся в их власти расы должны были сами ощущать превосходство, сами бояться и трепетать и благодарить за покровительство .
В общем, внезапных бунтов они не ожидали. А они случались - и под левиафанским игом весь прогресс был направлен на конкретно от этого ига избавление. Были восстания, было целое подполье, было долгое противостояние, потому что низшие существа оказывались намного изощрённей и упрямей, чем казались. И Левиафанов эта борьба с вредителями уже начинала утомлять - задавишь одних, а вскоре лезут другие.
Вот тогда у Левиафанов и родилась идея со Жнецами - чистильщиками, которые быстро и качественно избавлялись от сильно умных и прогрессивных рас, способных стать занозой в заднице. Удобно, эффективно, надежно и не надо самим возиться. Вот только не учли Левиафаны того, что собственная программа обернётся против них.

Хотя в таком случае Левиафан в голове Шепарда так бы всё и сказал, потому как смягчать факты перед какой-то блошкой он вряд ли бы стал. Поэтому это так, вольные домыслы.